有關資料統計表明：在我國投入運行的環境污染防治設施中，大約有1/3能正常運行，有1/3不能正常運行，有1/3根本不能運行。主要原因為：技術方面：這些污染防治設施采用的工藝不合理、產品質量低劣或工程質量差；非技術方面:環保設施運營模式不合理。從某種意義上說，非技術原因是現階段導致污染防治設施不能正常運行的主要原因。
      面對環保設施運營管理存在的問題，必須進行積極的探索和全面的改革，建立新的污染防治設施運營管理的模式，把環保設施運營推向社會化、專業化、市場化。但是，目前我國環保設施運營完全走向市場化還有一定難度。一是計劃經濟的機制還在起作用，適應市場經濟的政策體系和調控機制還沒有完全形成。二是環境保護的市場體系還不完善，特別是環保服務市場體系和資本市場體系尚未全面形成。市場運作方面缺乏公平競爭機制和規范運行的條件。三是人們的環境意識還不夠，公眾整體環境意識不高，缺乏保護環境的自覺性和緊迫性。四是東西部地區由于經濟發展不同，環保設施運營存在很大差距，如：我省一些排污單位環保意識差，無環保設施運營社會化和專業化的概念，排污單位的環保設施基本上均由本單位人員運行，未經過專門培訓，致使環保設施難以正常運行。一些市政環保設施費用嚴重不足，不能保證連續運行。政府執法力度不夠，使許多排污單位缺乏對環保設施的有效管理。
      因此，國家應首先制定有效的環保設施運營資質管理辦法，必須取得運營資質，或委托有運營資質的單位運營，以保證污染治理設施的正常運行；其次，新污染源的治理應提倡BOT方式，環保公司要將設計、施工、運營一包到底，避免設計、施工、運營三方脫節，互相推諉。第三、應建立環保設施建設方案招標管理辦法，有利于防止產生腐敗。第四、對具有環保設施運營資質的單位應給予一定的優惠政策和相應的資金補助，加強環保執法力度，從而達到最佳的治理效果。第五、委托業主和運營單位必須簽訂運營合同，依照合同要求各自承擔相應的法律責任。第六、各省環保局應組織力量對要取得環保設施運營資質的企、事業單位上崗人員進行培訓，培訓合格方可上崗。第七、各省環保局應加強對已獲得環保設施運營資質企、事業單位的監督管理，對環保設施進行定期檢查，一旦發現不良問題，立即上報國家環境保護總局對該單位進行處罰，直至吊銷其環保設施運營資質證書。第八、環保設施運營單位定期向省環保局報告排污單位環保設施運行情況、各類污染物處理總量、排污達標率、運行成本等指標，從而達到對排污單位的監督管理。